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Der Zug ist das sicherste und angenehmste Verkehrsmittel, um die Slowakei zu bereisen. Internationale Zugverbindungen nach Bratislava Hlavná stanica (Hauptbahnhof) verkehren mehrmals täglich von Wien (1 Stunde Fahrzeit), Budapest (3 Stunden Fahrzeit) und Prag (4 Stunden Fahrzeit). Weniger häufige Verbindungen gibt es von und nach Berlin, Bukarest, Kiew, Moskau und Warschau. Der Hauptbahnhof liegt etwas außerhalb des Stadtzentrums und ist mit den Bussen einfach zu erreichen; alternativ dauert es zu Fuß etwa 15-20 Minuten. Züge von Wien erreichen die Stadt auch am Bahnhof Bratislava-Petržalka, der südlich des Stadtzentrums auf der gegenüberliegenden Donauseite liegt.

Die Zugfahrpläne können auf der Webseite der Slowakischen Bahngesellschaft (auf Englisch) oder auf dieser beliebten Webseite für Reiseverbindungen (die Sprachauswahl für Deutsch befindet sich unten rechts auf der Seite) Online eingesehen werden.